Podziemne Ministerstwo Magii to nielegalne struktury powstałe w kwietniu 1957 roku w wyniku rozpadu ówczesnego Departamentu Przestrzegania Prawa Czarodziejów, na skutek otwartego sprzeciwu części jego członków wobec decyzji o dokonaniu masowej rzezi (dzisiaj nazywanej Bezksiężycową Nocą) na zamieszkującej Londyn ludności mugolskiej. Początkowo złożone w głównej mierze z dawnego Biura Aurorów (które jako jedyne odłączyło się od departamentu w całości), Wiedźmiej Straży i Magicznej Policji, skupiało się na działaniach w samej stolicy, jednak wraz z upływem miesięcy rozszerzyło swoją liczebność i wpływy na obszar całego, ogarniętego wojną kraju – pod zwierzchnictwem Harolda Longbottoma nabierając bardziej uporządkowanej formy.
Choć początkiem 1958 roku podziemne ministerstwo doczekało się swojej siedziby, zajmując opuszczone mugolskie budynki na obrzeżach Plymouth, to w większości wciąż pozostaje rozproszone – podzielone na działające na terenach wszystkich hrabstw komórki, przyjmujące co prawda rozkazy dowództwa, ale niezależne na tyle, by spalenie jednej z nich nie wywołało reakcji łańcuchowej w postaci zdradzenia położenia i planów pozostałych. Sieć ta nie jest jednolita: niektóre z kryjówek funkcjonują stale, umiejscowione w ukrytych pod ochronnymi zaklęciami pustostanach i domach, podczas gdy inne powoływane są jedynie tymczasowo, na kilka tygodni lub miesięcy, stacjonując w czarodziejskich, powiększonych dzięki transmutacji namiotach. Wszystkie nadzorowane są jednak przez znajdujące się w Plymouth dowództwo – to tam podejmowane są decyzje mające wpływ na działania prowadzone w całym kraju, tam przechowuje się też większość zaopatrzenia i informacji; jedynie te najwrażliwsze i ściśle tajne trafiają do znajdującego się w Oazie ratusza, gdzie odbywają się również najistotniejsze zebrania – między innymi te zrzeszające Zakon Feniksa.
2. Oddział Wywiadowczy "Demimoz"
3. Oddział Operacyjny "Hipogryf"
4. Oddział Zaopatrzeniowy "Niuchacz"
5. Oddział Łączności "Sowa"
6. Biuro Informacji i Propagandy "Memortek"
7. Sądy wojskowe
Aurorzy to jednostka elitarna, złożona z najlepiej wyszkolonych, uzdolnionych i doświadczonych w walce czarodziejów, w przeszłości specjalizujących się w tropieniu i wyłapywaniu czarnoksiężników. W strukturze podziemnego Ministerstwa Magii stanowią trzon dowodzący, ciesząc się największym zaufaniem co do podejmowanych decyzji; ich rozkazy są nadrzędne względem tych wydawanych przez dowódców funkcjonujących w pozostałych oddziałach, w sprawach spornych mają więc głos decydujący. Ich własne działania skupiają się na punktach najbardziej strategicznych, istotnych zarówno dla wroga jak i ruchu oporu. To oni zajmują się likwidacją najważniejszych lub najgroźniejszych przeciwników, często blisko współpracując przy tym z członkami oddziału wywiadowczego.
Odkąd Biuro odłączyło się od Departamentu Przestrzegania Prawa Czarodziejów, nie istnieją oficjalne nabory ani szkolenia na aurorów – kandydaci wyłaniani są spośród członków pozostałych oddziałów (większość nowych kursantów pochodzi z oddziału operacyjnego) po zdobyciu wystarczającego doświadczenia i wykazaniu się na polu bitwy. Taką kandydaturę przedłożyć może dowódca danego czarodzieja, po czym główny zainteresowany zostaje wezwany do Plymouth, gdzie przez kilka dni testuje się jego umiejętności, motywację i przekonania, a także przeprowadza się szeroki wywiad, mający na celu wykluczyć ewentualne powiązania z wrogiem. Podczas przesłuchania czarodziej pozostaje pod działaniem veritaserum (zażycie mikstury jest dobrowolne, jednak odmowa jest jednoznaczna z niezaliczeniem testu i wymazaniem z pamięci wszystkich informacji uzyskanych w trakcie pobytu w siedzibie, w tym tożsamości członków biura). Po uzyskaniu akceptacji dowództwa, kandydat trafia pod skrzydła jednego ze starszych aurorów, nie uzyskuje jednak prawa do samodzielnego działania, dopóki jego mentor nie uzna, że jest na to gotowy – nie jest to proces krótki ani łatwy, od pełnoprawnych aurorów wymaga się bowiem nieposzlakowanej opinii, zachowania zimnej krwi na polu walki i doskonałego władania magią zarówno ofensywną, jak i defensywną, a ostateczny głos w sprawie mianowania nowego aurora zawsze ma szef Biura.
Obecnie szefem Biura Aurorów jest Aaron Bagnold.
"Demimoz" jest oddziałem skupionym na szeroko pojętym pozyskiwaniu informacji, powstałym w głównej mierze z członków dawnej Wiedźmiej Straży, którzy po Bezksiężycowej Nocy zdecydowali się opuścić Departament Przestrzegania Prawa Czarodziejów. W jego szeregach znajdują się czarodzieje doświadczeni, wysoce wyszkoleni, niejednokrotnie obdarzeni dodatkowymi zdolnościami – szczególnie mocno cenieni są metamorfomagowie i animagowie. Ponieważ zadaniem Demimozów jest przede wszystkim infiltracja szeregów wroga, zdarza się, że są to czarodzieje oficjalnie w żaden sposób niezwiązani z ruchem oporu, na co dzień wciąż funkcjonujący jako zwyczajni członkowie magicznego społeczeństwa, otwarcie popierający nowy porządek zaprowadzony przez Cronusa Malfoya. Ich tożsamość jest szczególnie chroniona, najczęściej pracują oni pojedynczo lub w dwuosobowych grupach, a prowadzone przez nich operacje są długie i wieloetapowe, czasami skupiające się jedynie na wydobywaniu informacji ze struktur rządowych, czasami na rozpracowaniu współpracujących z rządem grup szmalcowników. Zajmują się także kontrwywiadem, są odpowiedzialni za odnajdywanie i neutralizowanie szpiegów i informatorów pracujących dla wroga.
Podobnie jak w przypadku aurorów, nie istnieją żadne oficjalne kursy czy szkolenia przygotowujące kandydatów do pracy wiedźmiego strażnika – Demimozy to jednostka elitarna, zrzeszająca czarodziejów wyszkolonych i posiadających doświadczenie w walce z wrogiem. Kandydaci wyłaniani są spośród członków pozostałych oddziałów, głównie operacyjnego, choć zdarza się, że odpowiednimi predyspozycjami wykazują się również czarodzieje działający w innych strukturach. Po uzyskaniu pozytywnej rekomendacji od dowódcy, kandydat jest wzywany do głównej siedziby w Plymouth, gdzie testowane są jego umiejętności maskowania, cichego poruszania się, kłamstwa czy zdobywania informacji. Dokładnie sprawdza się też przeszłość czarodzieja, a w końcowym etapie jest on poddawany przesłuchaniu przy zastosowaniu veritaserum (zażycie mikstury jest dobrowolne, jednak odmowa jest jednoznaczna z niezaliczeniem testu i wymazaniem z pamięci wszystkich informacji uzyskanych w trakcie pobytu w siedzibie, w tym tożsamości członków ruchu oporu). Po uzyskaniu akceptacji dowództwa, kandydat jest przydzielany do jednego z wiedźmich strażników, którego obszar działania najbardziej odpowiada jego indywidualnym predyspozycjom.
Oddział operacyjny to najliczniejsza i najbardziej zróżnicowana z grup znajdujących się pod skrzydłami podziemnego Ministerstwa Magii. Składają się na nią wszystkie działające na terenach hrabstw bojówki, w większości skupiające się na prowadzeniu lokalnych, ograniczonych do niewielkich obszarów operacji: akcji sabotażowych, ewakuacji ludności mugolskiej, neutralizowania szmalcowników i mniejszych grup przestępczych. Pojedyncza komórka składa się zazwyczaj z kilku bojowników dowodzonych przez najwyższego rangą czarodzieja, zdarza się jednak, że komórki łączą się w większe, ściśle współpracujące ze sobą grupy, stacjonujące w jednej ze stałych kryjówek. Członkowie oddziału operacyjnego działają wedle rozkazów otrzymywanych z głównej siedziby dowództwa w Plymouth, komunikując się poprzez wiadomości przekazywane przez łączników.
Do grup operacyjnych zaciągnąć może się każdy pełnoletni czarodziej, początkowo stając się częścią tzw. młodzieżówki. Świeżym rekrutom nie przydziela się samodzielnych ani bardziej odpowiedzialnych zadań, działają oni na ogół pod okiem bardziej doświadczonych czarodziejów, do których należy również przeszkolenie podopiecznych i skierowanie ich do komórek najbardziej odpowiadających im umiejętnościom. Po opuszczeniu młodzieżówki i awansowaniu na pełnoprawnego członka oddziału operacyjnego, czarodziej otrzymuje specjalną przypinkę z symbolem podziemnego Ministerstwa Magii, zaczarowaną w ten sposób, by była widoczna wyłącznie dla osób noszących bliźniaczy symbol.
Oddział zaopatrzeniowy to jednostka zrzeszająca czarodziejów odpowiedzialnych za szeroko pojęte, wojenne zaplecze – jego członkowie zajmują się przygotowaniem stałych kryjówek i tymczasowych obozów dla komórek działających w całym kraju, dbają o dostarczenie do nich żywności, eliksirów, środków medycznych i bojowego ekwipunku, dysponują funduszami i zapasami docierającymi do głównej siedziby, współpracują z handlarzami, przemytnikami i rzemieślnikami. Choć na ogół nie mają doświadczenia bojowego, to ich zadania bywają równie karkołomne, co te prowadzone w terenie; w ogarniętej wojną Anglii wszystkiego brakuje, Niuchacze często zmuszeni są więc do nalewania z przysłowiowego pustego oraz podejmowania trudnych decyzji co do miejsca skierowania transportów.
W ich szeregi może wstąpić każdy, kto posiada smykałkę do ekonomii i głowę na karku, jednak przez pierwszych kilka miesięcy praca nowych rekrutów jest czujnie nadzorowana – zaopatrzenie jest na tyle cenne, że podziemie nie może pozwolić sobie na jego zmarnotrawienie, a każdy taki incydent jest surowo karany.
W pierwszych tygodniach działania magicznego podziemia, rozkazy i wiadomości przekazywane były przy pomocy sów – jednak coraz częstsze i niejednokrotnie tragiczne w skutkach incydenty ich przechwytywania sprawiły, że zadanie to zaczęto powierzać łącznikom: głównie lotnikom oraz jeźdźcom, zarówno tym działającym samodzielnie, jak i zrzeszającym się w większe grupy. Pierwszą z nich stali się – niedługo po oficjalnym rozwiązaniu drużyny – byli gracze Zjednoczonych z Puddlemere, początkowo pozostając pod patronatem Macmillanów, z czasem za zgodą rodu przechodząc pod rozkazy stacjonującego w Plymouth dowództwa. Niedługo później w ich ślady poszły Jastrzębie z Falmouth – zespół, choć nie został rozwiązany oficjalnie, to po zawieszeniu większości członków wciąż nie powrócił do gry, a organizowane regularnie rekrutacje na brakujących zawodników stały się wymówką dla przyjmowania w szeregi nowych lotników, szkolonych na łączników pod okiem doświadczonych graczy.
Oddział łączności odpowiedzialny jest za przenoszenie tajnych wiadomości oraz paczek pomiędzy dowództwem i działającymi na terenach kraju komórkami, od łączników wymaga się więc doskonałej kondycji fizycznej, wytrzymałości i szybkości, a także zdolności do zachowania zimnej krwi w trudnej sytuacji – gdyż w przypadku schwytania, priorytetem każdego łącznika jest przede wszystkim zniszczenie przesyłki, tak, by nie znalazła się w rękach wroga.
Magiczne podziemie nie posiada tak rozbudowanego systemu sądownictwa jak pozostający pod rządami Cronusa Malfoya Wizengamot – nie istnieją zresztą tajne więzienia, w których skazani mogliby odbywać karę pozbawienia wolności – nie oznacza to jednak, że zwolennicy Harolda Longbottoma pozostają ślepi na panujące w kraju bezprawie. Czarodzieje oskarżeni o największe zbrodnie (do których należy m.in.: zdrada, donosicielstwo, współpraca z wrogiem, zabójstwo i działanie na szkodę niewinnych), schwytani przez członków ruchu oporu, trafiają do prowizorycznych, funkcjonujących w kryjówkach aresztów, gdzie są poddawani osądowi – najczęściej w przeciągu trzech dni od momentu aresztowania. Wyrok wydawany jest przez sąd złożony z trzech czarodziejów: dwóch wyższych rangą członków komórki funkcjonującej na danym obszarze oraz jednego sędziego niezależnego, przysłanego przez dowództwo (na ogół aurora lub wiedźmiego strażnika). Skazanemu nie przysługuje prawo do odwołania się od wyroku, jest on wykonywany w trybie natychmiastowym.
Za najcięższe zbrodnie wydawana jest kara śmierci, do innych należy m.in. wygnanie lub zniszczenie różdżki. W wyjątkowych przypadkach sąd może wyrazić zgodę na odroczenie wymierzenia kary, pod warunkiem, że oskarżony zgodzi się na złożenie Przysięgi Wieczystej, zobowiązując się tym samym do bezwarunkowej walki z wrogiem aż do zakończenia wojny.
W przypadku drobniejszych przewinień (np. kradzieży zapasów o niewielkiej wartości) osądu dokonuje najwyższy rangą dowódca komórki działającej na danym obszarze, a dowództwo jest jedynie informowane o incydencie. Za takie przewiny na ogół wymierza się kary pieniężne lub materialne (na rzecz działań wojennych lub pomocy ofiarom wojny); gdy skazany nie ma możliwości zapłacenia grzywny, zezwala się na jej odpracowanie.
Biuro powstało w odpowiedzi na szeroko zakrojone działania propagandowe prowadzone przez rząd Cronusa Malfoya, a jego głównym zadaniem jest rozprowadzanie prawdziwych informacji o wydarzeniach mających miejsce w kraju oraz dementowanie tych zakłamanych. W chwili obecnej dzieje się to głównie za pośrednictwem Proroka Codziennego, którego redakcja – choć oficjalnie nie jest częścią podziemnego Ministerstwa Magii i uznawana jest za niezależną – pozostaje w bliskiej współpracy z członkami biura, prowadząc wymianę informacji i wspólnie pracując nad dystrybucją gazety. Jej rozprowadzaniem w dużej mierze zajmują się zlokalizowane w całej Anglii komórki, przy wsparciu Oddziału Łączności.
Biuro Informacji i Propagandy zajmuje się także przygotowywaniem informacyjnych broszur i ulotek – zachęcających do czynnego oporu, zawierających krótkie instrukcje dotyczące nakładania zabezpieczeń czy zachowania środków ostrożności, a także humorystycznych, wyśmiewających kłamstwa głoszone przez rząd, niosących otuchę i poprawiających wizerunek Zakonu Feniksa oraz członków podziemia.
W ostatnich tygodniach Biuro Informacji i Propagandy nawiązało również współpracę z nielegalnie działającym Ptasim Radiem, które za pomocą specjalnych, magicznie zaprojektowanych odbiorników, przekazuje prawdziwe informacje słuchaczom w różnych częściach kraju. Radio ma na razie niewielki zasięg, otrzymało jednak obietnicę wsparcia Oddziału Łączności przy dystrybucji kolejnych urządzeń.